Recogiendo la experiencia del Bío Bío, la Región de Aysén en convenio con la GTZ y la Universidad Técnica de Berlín, firmó el convenio denominado Transferencia para el Ordenamiento Territorial de Aysén , con el propósito de elaborar un plan de ordenamiento territorial para la región.

Su metodología de trabajo se basó principalmente en la participación de todos los actores involucrados y en el manejo de los conflictos surgidos entre la salmonicultura, el turismo, la pesca artesanal y la protección ambiental, entre otros.

El año 2001, el Gobierno Regional presentó ante la Comisión Regional de Uso del Borde Costero (CRUBC) su Propuesta de Zonificación del Borde Costero de la Región de Aysén , y luego ante la Comisión Nacional, quien finalmente la aprobó en su reunión de noviembre de 2002.

Finalmente, la Contraloría General de la República tomó la razón del Decreto Supremo Nº 153, de 20 de mayo de 2004, dándose por aprobada la zonificación de la XIª Región.